L'alitosi può essere dovuta a sostanze ingerite o inalate che vengono escrete in parte dai polmoni, a malattie delle gengive o dei denti o alla fermentazione del cibo, soprattutto in bocca. Può essere causato da malattie sistemiche (p. es., encefalopatia epatica, acidosi diabetica, infezioni o malattie neoplastiche dell'apparato respiratorio). Sebbene si possano verificare delle eruttazioni nauseabonde in caso di ritenzione gastrica o di tumori gastrici ed esofagei, le malattie GI di solito non causano alitosi, perché l'esofago è normalmente collassato e separato dalla via aerea; è falsa la credenza che l'odore del respiro rifletta lo stato della digestione e la funzione intestinale.