Normalmente, la mucosa GI è protetta da diversi meccanismi: (1) la produzione di muco e di HCO₃ da parte della mucosa crea un gradiente di pH tra il lume gastrico (pH basso) e la mucosa stessa (pH neutro). Il muco serve come una barriera per la diffusione dell'acido e della pepsina. (2) Le cellule epiteliali rimuovono l'eccesso di ioni idrogeno (H⁺) attraverso il sistema di trasporto di membrana e hanno delle giunzioni intercellulari, che prevengono la retrodiffusione degli ioni H⁺. (3) Il flusso ematico della mucosa rimuove l'acido in eccesso che si è diffuso attraverso lo strato epiteliale. Molti fattori di crescita (p. es., il fattore di crescita epidermico, il fattore di crescita insulino-simile I) e prostaglandine sono stati collegati alla riparazione della mucosa e al mantenimento della sua integrità.