La gastrite può essere classificata come erosiva o non erosiva sulla base della gravità della lesione mucosa. Può essere classificata anche sulla base della localizzazione nello stomaco (cioè, cardias, corpo e antro). La gastrite può essere ulteriormente classificata istologicamente come acuta o cronica, sulla base del tipo di cellule infiammatorie presenti. Nessuna classificazione si combina perfettamente con la fisiopatologia; esiste, infatti, una notevole sovrapposizione.

La gastrite acuta è caratterizzata dall'infiltrazione di cellule polimorfonucleate della mucosa dell'antro e del corpo. La gastrite cronica implica alcuni gradi di atrofia (con perdita della capacità funzionale della mucosa) o di metaplasia. Coinvolge principalmente l'antro, con la conseguente perdita delle cellule G e la riduzione della secrezione gastrinica o il corpo, con la perdita delle ghiandole parietali e la conseguente riduzione dell'acidità e della secrezione di pepsina e di fattore intrinseco.