Negli USA, l'encefalite equina occidentale si presenta in tutta la nazione e a tutte le età, ma la maggior parte dei casi interessa i bambini < 1 anno di età. L'encefalite equina orientale si verifica negli USA orientali, soprattutto nei bambini e nei soggetti > 55 anni e ha una mortalità maggiore dell'encefalite equina occidentale. Nei bambini < 1 anno di età entrambi i tipi tendono a provocare forme gravi di malattia, con sequele neurologiche permanenti. Epidemie di entrambi i tipi sono associate a epizoozie nei cavalli.

Epidemie urbane e rurali di encefalite di St. Louis si sono verificate in tutti gli USA; con morbilità e mortalità maggiori nei gruppi di età più anziani. Il virus dell'encefalite della California è distribuito principalmente negli Stati del Centro Nord e a New York, ma colpisce soprattutto bambini nelle aree rurali o suburbane.

Tranne che nelle epidemie, i reperti clinici di meningite e di encefalite raramente consentono un'identificazione specifica. I sintomi di esordio abituali sono cefalea, sonnolenza, febbre, vomito e rigidità nucale. Si possono presentare poi rapidamente tremori, confusione mentale, convulsioni e coma. Talvolta si ha anche paralisi degli arti.