La base genetica del sistema immunitario è molto complessa. Numerosi deficit immunitari genetici coinvolgono varie parti del meccanismo di difesa immunitario. Il complesso maggiore di istocompatibilità è importante per l'autoriconoscimento. L'ereditarietà del locus maggiore di istocompatibilità è autosomica recessiva, cosicché i fratelli hanno una probabilità del 25% di possedere lo stesso locus maggiore di istocompatibilità. Il locus di istocompatibilità è importante per il trapianto degli organi e gioca un ruolo principale nella tolleranza per il trapianto degli organi o del midollo osseo. Un'altra componente del sistema immunitario comprende le molecole di superficie dei GR, che causano reazioni immunitarie durante l'emotrasfusione. I sistemi di antigeni dei GR AB0 e Rh sono particolarmente importanti nelle reazioni alla trasfusione e nella incompatibilità materno-fetale.